전체 줄거리임..원하지 않으시면 보지마세요

시작은 웨인랜드 회장이 데이빗을 처음 기동시키는 장면. 피아노를 치게 하고 여러가지 시도를 하면서 만족을 하지만 데이빗은 자신의 창조주에게 "당신이 죽은 후에도 나는 존재한다"라는 불경(?)을 범하여 웨인랜드 회장이 기분이 매우 나빠지는 면을 보여 줌...아마 데이빗이 인간에게 고분한 존재가 아니라는 것을 시작부터 보여주려는 의도였던 것으로 보임.

장면이 바뀌고 새로운 개척지 후보(오리에가6)를 향하여 2,000여명의 정착민을 태우고(수면상태) 우주를 항행하고 있는 커버넌트호와 이의 운영을 담당하고 있는 후드입은 월터를 보여주며 시작된다. 커버넌트호의 전력공급을 위하여 우주 돛을 편 순간 우주에서의 알수 없는 충격파로 인하여  선체가 손상되고 우주 돛이 손상되는 사태가 발생함. 이 와중에 과전류로 인하여 수면중인 기존 선장이 수면 캡슐에서 불타 죽는 참상이 발생하고, 후임으로 열등감 덩어리(예고편에서 페이스 허거에게 당하는 인물_피해의식과 열등감에 다소 침식되어 있는 인물)가 후임 선장역을 맡게되었음.

죽은 선장은 대니엘스(부선장 & 예고편 여주인공) 배우자로 대니엘스는 지구화실(각종 건설자재가 비축된 저장소)에서 자신을 돕는 월터에게 선장과 자신은 호수가에서 오두막을 짓고 싶었고, 이를 위하여 일부러 오두막을 만들기 위한 나무까지 가지과 왔으나, 이제 아무 의미 없다고 눈물로 한탄함..월터는 꼭 지어 보이라고 위로함. 우주선 밖에서는 충격파에 손상된 우주 돛을 수리하고 있었음.

우주 돛을 수리하는 과정에서 테이시(카우보이모자)가 괴 전파를 수신하고 이를 분석하는 과정에서 존 덴버의 음악임을 알게 되며 그 전파에 내재된 위치 정보까지 확인하여 근거리에 있는 행성임을 알게 되었음. 해당 별의 상태를 조사하면서 중력, 대기, 지형 등이 지구와 비슷할 뿐 아니라 기존 목적지(오리에가-6)보다 나은 조건으로 보인다는 판단에 신임 선장은 신 행성으로 뱃 머리를 돌림.

대니엘스는 부선장으로서 행선 변경을 반대함. 기존 조사에 발견된 적 없는 행성이 딱 시기 적절하게 갑툭튀 하는 것도 의아스럽고, 현 정착민의 안전을 위하여도 기존에 조사가 마무리 되어 있는 기존 목적지로  향할 것을 주장하나, 기존 행선지는 7년 이상 더 항해를 해야 한다는 점과 이미 사고로 수면에서 깨어난 선원들에게 다시 극 저온 수면을 요구하기도 어렵다는 신임 선장의 주장(구실)으로 결국 행선지가 변경됨.

몇 주 거리에서는 지형도 다 파악될 정도 였으나, 막상 해당 행성의 상공에 도착하니 전자기 폭풍으로 탐색에 어려움을 겪음. 선장, 대니엘스, 월터 및 그외 쩌리 들이 탐사선을 타고 해당 행성으로 향함. 전자기 폭풍을 뚫고 들어가는 과정에서 선체가 충격을 입어 호수가에 착륙(예고편 장면 지속). 우주선에 요원 한 명 남기고 다른 일행은 탐사를 위하여 출발함.

막상 호수에 내리자 풍광이 훌륭하고 하여 신임 선장은 대니엘스에게 오두막을 여기 짓는 것은 어떻냐고 하며 들뜬 모습을 보임. 존덴버 음악이 흘러 위치(예고편에 보인 외계 우주선)까지 약 8 Km의 산길을 가는 과정에서, 선장의 배우자는 현지 생태 조사를 위하여 뒤로 남기로 하고, 선장은 무장 상사 한 명을 경호로 배우자에게 붙이고 4시간 후에 보자고 약속하고 계속 탐사 목적지로향함.

배우자가 행성  토양 샘플을 채취하는 동안 무장 상사는 소변을 이유로 잠시 이탈하면서, 예고편의 포자를 밟는 모습을 보임. 포자를 밟은 후 잠시 담배를 피우기 위하여 나무 등에 걸터 앉은 후 담배연기를 뿜으니, 연기를 배경으로 해당 포자들이 나선형으로 춤추듯 돌면서 하나의 덩어리로 합쳐지면서 상사의 귀 방향으로 돌입하는 장면이 나옴(예고편의 장면).  상사는 이후 점점 힘들어 하게 됨.

한편 신호가 나오던 목적지로 향한 일행은 해당 위치에서 외계 우주선을 발견하게됨. 일행 중 또 다른 한 명이 우주선으로 들어가던 중 포자 덩어리를 호기심에 건드리고, 이번에는 포자입자가 코구멍으로 돌입되어 들어감. 우주선 내부에서 엘리자베스 쇼 박사의 식별표(예고편), 우주복 상의가 발견되었으며, 예고편에서 데이빗과 얘기 나누며 누운 수면침상에서 쇼 박사의 사진이 발견됨.

한편 무장 상사는 힘이 빠져 자리에 주저 않고 출혈을 시작함. 이에 따라 선장 배우자는 구원을 청하고, 탐사선에 응급조치를 준비할 것을 요청하며 무장 상사를 데리고 기존 임무에서 이탈함.

우주선 조종실에서 탐색 중 뒤에 남겨진 일행(배우자, 무장상사)쪽의 긴급 구원 신호가 도착함에 따라 급거 탐사선 방향으로 돌아가기 시작하였으며, 이 과정에서 코로 포자가 침입한 요원이 또 앓기 시작함. 지세가 험하고 원거리여서 탐사선 까지 상당한 시간이 소요되는 상황이었음.

한편 배우자는 간신히 무장 상사를 탐사선 응급실까지 데리고 들어갔으나 이미 네오모프가 등을 뚫고 나오기 전 상황이었으며, 탐사선을 지키고 있던 요원은 선장 배우자의 요청(예고편-문 열라)을 거절하고  응급실을 잠그고 총기를 가지러 감. 처음 나온 네오 모프는 손바닥 만한 크기 였으나, 선장 배우자를 공격(배우자가 칼들고 소리지르던 장면 이후)하는 과정에서 점점 몸이 커지는 것이 보임. 총기를 가지러 간 요원이총을 들고 문열고 들어 와서, 조준을 하였으나, 무장상사의 몸에서 흐른 피에 미끄러 지면서 첫 조준사격을 실패하고 선장 배우자를 해치운 네오모프는 다음 타겟으로 동 요원을 공격함. 미끄러 지면서 총기를 놓친 탓에 비무장이어서 다시 문을 잠그고 탈출하였으나, 이미 몸이 더욱 커진 네오모프는 응급실 유리문을 뚫고 추격을 시작함. 탐사선 입구의 무장 베이에서 총을 꺼내든 요원이 사격을 시작하였나, 네오모프가 너무 빨라 적절히 타격을 줄 수 없었음.

마지막 사격에서 오발이되어 탐사선이 폭발(예고편 장면)하게 되었으며, 선장 및 그 일행은 이 폭발 장면을 목전에서 지켜보게 되었음. 한 편 코로 감염된 요원이몸을 들썩이기 시작하자, 주위 요원들이 몸을 누르며 진정시킴. 그러자 등으로 나올 네오모프가 입으로 튀어 나와서 일단 탈출하고 도망감. 일행에게서 떨어진 거리에서 몸을 키운후 공격을 위하여 대니엘스 방향으로 돌아오는 것을 확인한  월터가 대니엘스를 보호하기 위하여 몸으로 막아서고, 네오모프의 입을 자신의 왼손으로 막아섬. 이 과정에서 네오모프의 산성입에 월터의 왼 손이 녹음. 

다른 무장 요원들이 집중 사격을 하였으나, 재빠른 몸놀림으로 요리 조리 피하면서 요원들을 하나 하나 쓰러뜨리고 있는 찰라에 밝은 조명탄이 터지고 밝은 빛에 놀란 네오모프가 도망가면서 현장의 아비규환은 일단락 되었음.

조명탈을 터뜨린 것은 데이빗(예고편의 구원자?)이었고, 일행을 모처의 유적지로 인도하면서, 해당 위치는 매우 안전하다고 일행을 안심시킴. 해당 유적지 까지 가는 길은 검게 타 죽은 듯한 시체들의 천지였음. 일행을 안심 시키는 데이빗에게 위화감을 느낀 대니엘스는 월터에게 조사를 부탁하였고, 월터는 데이빗과 얘기해 보겟다고 회신함.

데이빗은 자신의 방에서 길게자란 자신의 금발 머리르 자르고 월터와 같은 색깔의 짧은 머리로 모습을 바꾼 후(이미 월터를 해치우고 자신이 그 자리를 차지하려는 의도가 나타난 것임), 월터와 대화를 시도함. 사실상 상대를 간보는 대화로 데이빗은 웥터가 자신의 조력자가 될 수 있는...즉 같은 AI로서 인간을 대체하고 그 자리를 차지하고자 하는 욕망이 있는지를 확인하는 대화시도였으며, 월터는 이해할 수 없는 사태 들과 데이빗과의 연관성을 확인하는 대화였음.

데이빗은 외부의 화석화된 시체들은 외계 우주선이 불시착하는 과정에서의 사고로 세균이 누출된 때문이라고 주장하였으나, 그 주장을 하면서 회상에서는 예고편에서 나온 바와 같이 해당 유적지의 상공에 도착하여 환영하는 인파를 위에서 내려다 보며, 프로메테우스에서 나온 바 있는 세균항아리를 폭탄처럼 퍼부어 대고 있었음. 그  항아리 들은 공중 일정 높이에서 검은 연막탄  터지면서 포자들이 뭉치면서 아래의 환영인파를 급속히 덮쳐나감. 순간 순간 오염 즉시 몸에서 뭔가 나오려고 하는 장면도 있었으나 전반적인 참상을 보여주는 것으로 회상이 끝남.

데이빗은 대화 후 엘리자베스 쇼 박사의 묘비로 데이빗을 데리고 가서, 자신이 쇼 박사를 사랑한 것 처럼 월터도 대니엘스를 사랑한다면 된다고 유혹함. 월터는 이를 부정하였으나, 대니엘스를 보호하기 위하여 손을 희생한 것 아니냐고 하면서 부정하지 말라고 함. 즉 데이빗은 해당  AI입장에서 월터가 생각하는 한계선을 걷어내려고 하였던 것이며, 월터는 데이빗에게 뭔가 사건과의 연관성을 확신하게 된 대화였음. 

데이빗은 자신보다 못한 인간에 대하여 모멸감을 가지고 있었고,이를 말살할 대상으로 정의 하고 있었음. 월터는 데이빗에 대하여  데이빗 모델이 너무 인간적으로 행동하여 인간들이 위협을 느꼈으며, 이로 인해 자신 세대의 모델들은 보다 단순하고 효율적으로 만들어 졌다고 데이빗의 의사에 반하는 회신을하게 됨.

한 편 여자 일행이 혼자 쉬는(이런 영화에서 여자 혼자 쉬는 것이면 뻔한 결말...)과정에 침입한 네오모프가 기습하여 죽이고 육식을 하기 시작하였고, 이를 지켜본 데이빗은 이를 너무나 대견히 지켜봄. 네오모프는 데이빗을 인지하고 데이빗 쪽으로 다가왔으나, 공격의 의도가 있지는 않았음.

한편 여자 요원을 찾으러 온 선장은 데이빗과 네오모프의 밀회(?_서로 느끼는 ?)) 장면을 보고 네오모프를 바로 사살함.  이에 데이빗이 왜 죽이는 것이냐고 격렬히 반발하자, 선장은 데이빗에게 총을 겨누고 추궁을 시작함. 데이빗은 대답을 주겠다며, 선장을 자신의 에이리언 연구실로 인도함. 거기서 각종 해부체, 병균통 등을 확인함. 데이빗은 10여년의 세월 동안 자신이 창조주가 되기 위한 노력을 하고 있었던 것임...

데이빗은 마지막으로 현재 진행 중인 작품을 보여주겠다면서, 선장을 지하실로  인도하였으며, 거기서 근래 최신 작품을 보여 줌. 바로 제노모프 페이스허거의 알이었음. 안전하니까 걱정말고 보라는 유혹에 선장은 알을 건드리고 보다가 페이스 허거의 습격을 받게됨(예고편 장면-즉 외계 우주선에서 당하는 것이 아님).

데이빗은 이후 월터를 불러 한 편이 될 수 있는지 확인하였으나, 조사 중 이미 쇼박사의 가슴이 열린 사체 미이라를 확인한 월터는 데이빗의 요청을 거절함(너-데이빗-가 알고 있는 작곡가는 잘못 알고 있는 것이다. 혼자 따로 놀면 오케스트라가 망가져...) 데이빗이 바로 월터의 목을 공격하여 기능을 정지 시킴.

한 편 선장을 찾던 일행 들은 한 명은 제노모프의 습격으로 사망, 한 명은 페이스 허거의 습격으로 얼굴에 상처(이미 결론 난 것임을 관객은 알고 있다..)였고, 지하실을 조사하던 대니엘스는 엘리자베스 쇼 박사의 해부 이미지 스케치를 보고는 데이빗이 범인임을 직감하였음. 그 순간 데이빗이 뒤에서 습격함. 데이빗은 대니엘스를 죽이려고 하였으나, 기능을 회복한 월터가 대니엘스를 구하고 먼저 회피 시킴.

월터와 데이빗의 격투가 이어지고 한 쪽 손이 없긴 하지만, 보다 뒷 세대 모델인 월터가 주도권을 잡음. 마지막 일격을 가하려는 장면에서 데이빗이 월터를 다시 유혹하는 말을 내 뱉으면서, 격투 중 월터가 놓친 칼을 잡는 장면으로 격투장면은 끝남.

한편 대니엘스의 구원요청에 따라 테이시(카우보이모자)가 화물선을 개조한 구난선을 타고 도착하였고, 이에 얼굴 상처난 요원, 대니엘스 및 뒤따라온 월터가 탑승함. 이들을 따라온 제노모프가 화물선에 따라 붙어 올라옴.  대니엘스가 기지를 발휘하여 크레인으로 제노모프를 쥐어서 터뜨려서 제노모프 제거함.  재미있는 점은대니엘스가 위기일 때 몸을 아끼지 않던 월터가 데니엘스가 직접 제노모프를 상대하는 것을 보고만 있다는 점..

안전한 귀환 후 잠시 평온한 시간을 보냄. 대니엘스는 선장이 되었고 편안한 잠을 취하던 중 긴급경보가 발령됨. 의무실(얼굴 상처난 요원이 입원 중이던)에서 미확인생물체가 존재한다는 것이 확인. 테이시와 탐색 및 격멸 작업을 수행.

이 과정에서 우주선 샤워실에서 정사를  함께 샤워를 하던 두 명의 승무원은 제노모프에게 학살(예고편 참조을 당하고, 이를 확인한 대니엘스는 월터에게 모든 격벽을 닫고 자신의 지시에 따라서만 통로를 개패하여 제노모프를 유도할 방법을 강구함.

월터가 대니엘스의 지시에 따라 우주선 통로 등을 여닫으면서 제노모프를  지구화실(각종 건설자재가 비축된 저장소)로 유도하였음. 트럭으로 유도하여 문을 닫으면서 트럭에 가두고 외부 문을 열어서 트럭을 우주로 날려 보냄(에이리언 1편 오마쥬).

드디어 우주선 내에 평화가 오고,  오리에가-6으로 향하면서 테이시를 먼저 극저온 수면 캡슐에 넣은 후 대니엘스는 마지막으로 수면 캡슐에 들어감. 잠들기전 월터에게 호수가 오두막 지을 때 도와달라고 하자 월터의 공허하고 냉소적인 시선이 날아오고.."데이빗?" 처음 인지하였으나, 이미 수면 모드에서 들어가서 강제로 잠들게 됨. 데이빗은 뱃속에 숨겨둔 에이리언 배아 캡슐 두 덩이를 목구멍으로 토해내어 인간배아 저장소에  같이 보관하고, 지구에는 월터의 명의로 오리에가-6로 진행 중이라는 보고를 마치면서 영화는 종료됨.